完成口袋妖怪火红的前两个周目后，第三周目的冒险会自动解锁，但它的开始并非简单继承存档。玩家需要返回初始城镇，与一位特定的神秘人物进行对话，才能真正激活这段全新的挑战旅程。第三周目的核心围绕着探索关都地区之外的七座岛屿展开，主要目标是升级全国图鉴至386版，并完成一系列岛屿上的特定剧情与任务，整个过程是对玩家队伍综合实力和探索能力的进一步考验。
在正式开始岛屿冒险前，充分的准备是至关重要的。这包括合理调整队伍配置，携带不同属性的宝可梦以应对多变挑战，并储备足够的恢复道具和特效药品。一切始于从博士那里获得图鉴升级的提示，之后玩家需要前往海港搭船，抵达第一座岛屿的火焰山。在岛屿右边击败火箭队成员后进入山洞，使用怪力技能推动石头，最终找到并获得关键道具红宝石。
拿到红宝石后，需要返回一号岛屿并将其交给博士，从而换得前往其余岛屿的珍贵船票。登船后首先来到第四座岛屿，一下船就可能遇见竞争对手小茂，同时该岛屿设有培育屋可供利用。此岛的重要地点是右边的冰洞，洞内地面湿滑，移动需借助冰面上的石头改变方向。在此会遇到火箭队并发生战斗，胜利后从他们那里获得密码，同时还能从洞穴中的NPC处获得像登瀑布这样的重要技能机。
乘船继续前往第五座岛屿，在这里需要运用冲浪术向左上方移动，与一位老伯对话可以获得一颗波克比的蛋。岛上还存在一个山洞迷宫，成功探索到底可以获得多种道具。随后前往第六座岛屿，与岛民交谈会得知南边有一道无法开启的门，需要先解开谜题。接着抵达第七座岛屿，登上冲浪平台到达第四层与人物对话后，需要回到底层进行治疗。部分攻略还提及前往第八座岛屿，那里的洞穴深处岔路中隐藏着像洛奇亚这样的传说宝可梦。
当主要的岛屿剧情推进完毕后，游戏会开启通往超梦洞穴等隐藏区域的道路。在最后的第九座岛屿上，玩家需要研究一个特殊的三角形机关，当机关完全变红时，小岛会发生震动，届时30级左右的代欧奇希斯将会出现以供捕获。第三周目的主线探索基本完成，玩家可以继续捕捉之前未获得的宝可梦，完善自己的图鉴收藏。
